FactoMineR MCA error regarding numeric values?

FactoMineR MCA error regarding numeric values? - r

I am trying to experiment with multiple correspondence analysis (MCA) on a dataset containing integer and factor classes. Naturally, looking at the FactoMineR docs I thought MCA would be appropriate. However, I am currently running in to an error that I cannot solve.
Error in which(unlist(lapply(listModa, is.numeric))) :
argument to 'which' is not logical
The truncated output of str is:
'data.frame': 1000 obs. of 115 variables:
$ X1 : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
....
$ X98 : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ X99 : Factor w/ 2 levels "N","Y": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ X100: Factor w/ 3 levels "Head","Unknown",..: 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 ...
$ X101: int 44 67 69 50 61 62 30 59 55 41 ...
$ X102: Factor w/ 5 levels "Female","FEMALE",..: 1 1 1 3 1 3 1 3 1 1 ...
...
$ X115: Factor w/ 93287 levels "","010010201001",..: 35903 1 33052 66760 41187 14553 85711 64424 63119 46155 ...
The dataset is too large to just put on here so I am hoping the structure and description will be sufficient.
I have made sure that the only classes in the columns are integer or factor (the same as the demo tea dataset). I used na.omit to remove any missing data and I make sure the call to MCA has the column indicies passed to the appropriate arguments.
numerics <- as.numeric(which(sapply(df, is.numeric)))
factors <- as.numeric(which(sapply(df, is.factor)))
df.mca <- MCA(df, ncp=5, quanti.sup = numerics, quali.sup = factors, graph=FALSE)
The closest thing I have found is this question but it doesn't really provide a solution for me. I can look at the function but I don't know why my dataset is causing this error in the first place.
Any insight is appreciated.
Edit
Here is a subset of the data via dput
structure(list(X1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
X2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X3 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), X4 = c(0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X5 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 8L, 4L, 0L,
0L, 0L, 9L, 0L, 8L, 2L, 1L, 1L, 3L, 0L, 0L, 4L, 0L, 9L, 0L,
0L, 2L, 0L), X6 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), X7 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), X8 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X9 = c(0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), X10 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), X11 = c(0L, 0L, 4L, 1L, 35L, 3L, 0L, 3L,
4L, 0L, 6L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 19L, 0L,
3L, 0L, 0L), X12 = c(0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 2L, 0L, 2L, 1L,
0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 13L, 0L, 1L,
0L, 0L), X13 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L
), X14 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L), X15 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 39L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L), X16 = c(0L, 0L,
1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X17 = c(0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L), X18 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), X19 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), X20 = c(2L, 0L, 0L, 0L, 11L, 1L, 0L, 0L, 0L, 7L,
5L, 12L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 26L, 0L, 0L, 0L,
0L), X21 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L),
X22 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X23 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X24 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X25 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X26 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), X27 = c(5L, 1L, 0L, 2L, 46L, 4L, 0L, 0L, 0L,
3L, 14L, 6L, 1L, 2L, 6L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 24L, 0L, 0L,
1L, 2L), X28 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), X29 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X30 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X31 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X32 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X33 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), X34 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), X35 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
X36 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X37 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X38 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L), X39 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L), X40 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), X41 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), X42 = c(0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
X43 = c(0L, 3L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 20L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L), X44 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X45 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X46 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X47 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L), X48 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), X49 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
X50 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X51 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X52 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X53 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X54 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), X55 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), X56 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L),
X57 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X58 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X59 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X60 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X61 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L), X62 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), X63 = c(0L, 1L, 2L, 0L, 7L, 12L, 0L, 1L, 0L, 8L, 2L,
8L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 12L, 0L, 48L, 0L, 2L, 0L, 0L),
X64 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X65 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X66 = c(0L, 6L, 2L,
4L, 4L, 6L, 0L, 2L, 0L, 0L, 5L, 0L, 22L, 0L, 45L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 54L, 0L, 0L, 0L, 0L), X67 = c(0L, 0L, 0L, 0L,
15L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 14L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X68 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 5L,
1L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
9L, 0L, 0L, 3L, 0L), X69 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), X70 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 14L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), X71 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), X72 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X73 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X74 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X75 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L), X76 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 10L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L), X77 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L,
0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L,
0L, 0L), X78 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), X79 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 24L, 6L, 0L, 3L, 0L, 0L, 7L, 2L,
2L, 1L, 12L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 10L, 0L, 0L, 0L, 0L), X80 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X81 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L), X82 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L), X83 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), X84 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), X85 = c(1L, 0L, 0L, 1L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 3L,
2L, 0L, 0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L),
X86 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X87 = c(0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), X88 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X89 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X90 = c(0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 24L,
0L, 0L, 1L, 0L), X91 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), X92 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 1L, 0L
), X93 = c(2L, 1L, 0L, 0L, 2L, 5L, 0L, 3L, 0L, 0L, 5L, 0L,
0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 7L, 0L, 0L, 0L, 2L), X94 = c(0L,
6L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L), X95 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L), X96 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X97 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L), X98 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
0L), X99 = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
2L), .Label = c("N", "Y"), class = "factor"), X100 = structure(c(2L,
2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L,
1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Head", "Unknown"
), class = "factor"), X101 = c(44L, 67L, 69L, 50L, 61L, 62L,
30L, 59L, 55L, 41L, 61L, 69L, 56L, 84L, 75L, 82L, 71L, 60L,
62L, 62L, 68L, 67L, 68L, 53L, 59L), X102 = structure(c(1L,
1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L), .Label = c("Female",
"Male"), class = "factor"), X103 = structure(c(3L, 6L, 6L,
5L, 6L, 9L, 10L, 6L, 6L, 2L, 5L, 6L, 6L, 7L, 5L, 1L, 6L,
4L, 3L, 7L, 4L, 1L, 8L, 7L, 6L), .Label = c("0: No data available",
"1: Under $15,000", "3: $20,000 - $29,999", "4: $30,000 - $39,999",
"5: $40,000 - $49,999", "6: $50,000 - $74,999", "7: $75,000 - $99,999",
"9: $125,000 - $149,999", "A: $150,000 - $174,999", "B: $175,000 - $199,999"
), class = "factor"), X104 = structure(c(3L, 4L, 2L, 1L,
1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 4L, 5L, 6L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L), .Label = c("Married", "Single",
"Unknown", "Widowed", "Widow or Widower", "Widow/Widower"
), class = "factor"), X105 = structure(c(1L, 2L, 1L, 2L,
2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("U", "Y"), class = "factor"),
X106 = structure(c(2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 3L, 2L, 1L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 3L
), .Label = c("Deferrer", "Involved", "Loyal", "Self Reliant"
), class = "factor"), X107 = structure(c(2L, 1L, 3L, 1L,
3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 3L, 4L, 3L, 2L, 3L, 3L, 5L, 3L, 1L, 3L,
1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L), .Label = c("Commercial", "Medicaid",
"Medicare", "Other", "Self"), class = "factor"), X108 = structure(c(2L,
3L, 5L, 1L, 5L, 2L, 3L, 2L, 4L, 1L, 2L, 5L, 3L, 3L, 1L, 3L,
1L, 6L, 5L, 2L, 5L, 1L, 6L, 5L, 3L), .Label = c("Dormant",
"Periodic", "Prospect", "Recent", "Recurring", "Sporadic"
), class = "factor"), X109 = structure(c(5L, 6L, 6L, 3L,
1L, 2L, 4L, 5L, 6L, 1L, 1L, 6L, 5L, 6L, 2L, 5L, 6L, 6L, 6L,
6L, 1L, 5L, 6L, 3L, 5L), .Label = c("African American", "Client - Non Hispanic/Latino",
"Jewish", "Scandinavian", "Uncoded ", "Western European"), class = "factor"),
X110 = structure(c(3L, 3L, 4L, 3L, 4L, 1L, 1L, 3L, 2L, 3L,
4L, 2L, 3L, 2L, 4L, 3L, 4L, 3L, 3L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L
), .Label = c("Completed College", "Completed High School",
"Not available", "Some college"), class = "factor"), X111 = structure(c(11L,
23L, 16L, 13L, 6L, 21L, 4L, 10L, 9L, 15L, 24L, 14L, 8L, 7L,
22L, 2L, 20L, 1L, 3L, 19L, 5L, 12L, 25L, 18L, 17L), .Label = c("07869",
"07960", "17747", "20105", "21206", "21218", "22003", "22602",
"27344", "27370", "40214", "42351", "43081", "48180", "48235",
"51542", "55124", "63376", "64151", "72023", "80422", "80918",
"85204", "85351", "97439"), class = "factor"), X112 = structure(c(5L,
2L, 4L, 12L, 6L, 3L, 15L, 10L, 10L, 7L, 2L, 7L, 15L, 15L,
3L, 11L, 1L, 11L, 14L, 9L, 6L, 5L, 13L, 9L, 8L), .Label = c("AR",
"AZ", "CO", "IA", "KY", "MD", "MI", "MN", "MO", "NC", "NJ",
"OH", "OR", "PA", "VA"), class = "factor"), X113 = structure(c(7L,
1L, 5L, 16L, 8L, 4L, 22L, 15L, 14L, 9L, 1L, 9L, 21L, 20L,
3L, 13L, 2L, 13L, 18L, 11L, 19L, 6L, 17L, 12L, 10L), .Label = c("04013",
"05085", "08041", "08047", "19155", "21091", "21111", "24510",
"26163", "27037", "29165", "29183", "34027", "37037", "37151",
"39049", "41039", "42035", "510", "51059", "51069", "51107"
), class = "factor"), X114 = structure(c(8L, 1L, 6L, 19L,
9L, 5L, 24L, 18L, 17L, 10L, 2L, 11L, 23L, 22L, 4L, 15L, 3L,
16L, 21L, 13L, 1L, 7L, 20L, 14L, 12L), .Label = c("", "04013071504",
"05085020201", "08041000202", "08047013800", "19155021400",
"21091960200", "21111012202", "24510270903", "26163539200",
"26163583700", "27037060825", "29165030102", "29183311331",
"34027043500", "34027045603", "37037020200", "37151030504",
"39049006990", "41039000707", "42035030900", "51059450800",
"51069051000", "51107611801"), class = "factor"), X115 = structure(c(8L,
1L, 6L, 19L, 9L, 5L, 24L, 18L, 17L, 10L, 2L, 11L, 23L, 22L,
4L, 15L, 3L, 16L, 21L, 13L, 1L, 7L, 20L, 14L, 12L), .Label = c("",
"040130715044", "050850202011", "080410002024", "080470138004",
"191550214002", "210919602003", "211110122024", "245102709033",
"261635392003", "261635837001", "270370608253", "291650301021",
"291833113312", "340270435001", "340270456031", "370370202002",
"371510305041", "390490069901", "410390007071", "420350309002",
"510594508002", "510690510002", "511076118012"), class = "factor")), .Names = c("X1",
"X2", "X3", "X4", "X5", "X6", "X7", "X8", "X9", "X10", "X11",
"X12", "X13", "X14", "X15", "X16", "X17", "X18", "X19", "X20",
"X21", "X22", "X23", "X24", "X25", "X26", "X27", "X28", "X29",
"X30", "X31", "X32", "X33", "X34", "X35", "X36", "X37", "X38",
"X39", "X40", "X41", "X42", "X43", "X44", "X45", "X46", "X47",
"X48", "X49", "X50", "X51", "X52", "X53", "X54", "X55", "X56",
"X57", "X58", "X59", "X60", "X61", "X62", "X63", "X64", "X65",
"X66", "X67", "X68", "X69", "X70", "X71", "X72", "X73", "X74",
"X75", "X76", "X77", "X78", "X79", "X80", "X81", "X82", "X83",
"X84", "X85", "X86", "X87", "X88", "X89", "X90", "X91", "X92",
"X93", "X94", "X95", "X96", "X97", "X98", "X99", "X100", "X101",
"X102", "X103", "X104", "X105", "X106", "X107", "X108", "X109",
"X110", "X111", "X112", "X113", "X114", "X115"), row.names = c(414721L,
73797L, 281098L, 376819L, 33586L, 462430L, 452574L, 5913L, 412768L,
460097L, 431932L, 403489L, 407344L, 295527L, 157897L, 197133L,
465379L, 22316L, 358357L, 178178L, 293092L, 314823L, 186844L,
184603L, 343412L), class = "data.frame")

I stumbled upon the same problem, and even if it might not interest OP anymore I hope it could help someone else.
What I did first was transform all my numeric data to factor :
Xfac = factor(X[,1], ordered = TRUE)
for (i in 2:29){
tfac = factor(X[,i], ordered = TRUE)
Xfac = data.frame(Xfac, tfac)
}
colnames(Xfac)=labels(X[1,])
Still, it would not work. But my 2nd problem was (and I think it was yours as well) that I included EVERY factor as supplementary variable !
So these :
MCA(Xfac, quanti.sup = c(1:29), graph=TRUE)
MCA(Xfac, quali.sup = c(1:29), graph=TRUE)
Would generate the same error, but this one works :
MCA(Xfac, graph=TRUE)
Not transforming the data to factors also generated the problem.

Related

Running an ANOSIM with specific data in R?

I've tried to complete an ANOSIM with data on a study I have carried out but I get multiple errors and i'm not sure how to fix it. Most of the errors are "dissimilarities have 24 observations, but grouping has 23". I'm trying to see the similarity in community structure between multiple samples.
my code so far is
setwd()
#load invertebrate data
Invertebrates<- read.csv(file="Invertebrates.csv",head=TRUE,sep=",")
#install packages
install.packages("vegan")
library(vegan)
#make community matrix
com<-Invertebrates[,2:ncol(Invertebrates)]
m_com<-as.matrix(com)
# group by site
group=Invertebrates[,1]
#ANOSIM
invert.ano<-anosim(m_com,group)
Then I get
Error in anosim(m_com, group) : there should be replicates within groups
Thanks for any help
Invertebrates <- structure(list(Site = structure(c(10L, 14L, 6L, 3L, 24L, 12L, 7L, 18L, 1L, 8L, 15L, 5L, 16L, 23L, 4L, 11L, 21L, 19L, 9L, 13L
), .Label = c("Anax parthenope", "Anisus vortex", "Asellus aquaticus",
"Bathyomphalus contortus", "Bithynia leachii", "Bithynia tentaculata",
"Coenagrion pulchellum", "Corixa punctata", "Dytiscus marginalis",
"Gammarus pulex", "Gyraulus albus", "Haliplus fluviatilis", "Haplotaxis gordioides",
"Ilyocoris cimicoides", "Lymnaea stagnalis", "Lymnaea truncatula",
"Oxygastra curtisii", "Physa fontilnalis", "Piscicola geometra",
"Planorbis cornatus", "Planorbis planorbis", "Radix ovata", "Radix palustris",
"Sialis lutaria"), class = "factor"), Finglesham.Brook.A = c(112L,
1L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Betteshanger.Pond.A = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Betteshanger.Pond.B = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Great.Mongeham.A = c(7L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Site.7.SS.A = c(6L,
0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Great.Mongeham.B = c(32L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Broad.dike.A = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Broad.dike.B = c(0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), S3.Broad.dike.SS.B = c(14L,
0L, 7L, 6L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Site.6.NS.B = c(65L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Fowlmead.Lake.A = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Site.7.SS.B = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Fowlmead.lake.B = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Adelaide.NS.A = c(5L, 0L, 3L, 6L, 2L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 6L, 4L, 1L, 1L, 6L, 4L, 0L, 0L, 0L), Little.Downs.Bridge.B = c(48L,
8L, 0L, 23L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 18L, 0L, 2L, 0L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L), Finglesham.Brook.B = c(78L, 0L, 3L, 15L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L),
Adelaide.SS.A = c(8L, 0L, 0L, 33L, 9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 12L, 0L, 4L, 19L, 7L, 4L, 0L, 2L, 0L), Adelaide.SS.B = c(4L,
0L, 20L, 9L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 0L, 0L, 0L, 14L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Ham.Fen.SS = c(1L, 0L, 0L, 6L, 3L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
Adelaide.NS.B = c(3L, 0L, 0L, 8L, 0L, 6L, 1L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 12L, 0L, 1L, 0L), Site.6.NS.A = c(58L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), S3.Broad.dike.SS.A = c(24L, 0L, 0L, 50L,
0L, 0L, 3L, 13L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Little.Downs.Bridge.A = c(10L, 16L, 23L, 46L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L
)), row.names = c(NA, 20L), class = "data.frame")

If you run
table(Invertebrates$Site)
you will see that there you're grouping variable is not actually grouping anything. That is, there is maximum one observation per group. But ANOSIM requires the data to be grouped.
If I just make up a random grouping variable, like this:
Invertebrates$Group <- sample(c(1,2), nrow(Invertebrates), replace = TRUE)
and rerun your analysis:
Invertebrates$Group <- sample(c(1,2), nrow(Invertebrates), replace = TRUE)
group <- Invertebrates[, "Group"]
invert.ano <- anosim(m_com, group)
It works!

count most abundant species (cases) in matrix using R

I want to use some basic exploratory commands for my dataset, but can't figure this one out: i want to be able to have the ten (or any other number) most abundant species returned to me based on my data-matrix.
So, species that are present in all sites (rows) end up high in the ranking, species that are present in only one site end up low (and may even be excluded based on the ten most abundant species).
Furthermore, each species has a number that corresponds with its abundacy within the site (row). I also want to be able to get a top ten most abundant species based on abundancy rahter then presence absesence.
Here i used dput to give you a part of my dataset.
structure(list(Hypnum.jutlandicum = c(1L, 0L, 18L, 0L, 18L, 43L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 68L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 68L), Cladonia.floerkeana = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), Dicranum.scoparium = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L), Deschampsia.flexuosa = c(0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), Carex.pilulifera = c(1L, 4L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 0L, 2L,
0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 0L, 0L), Polytrichum.commune = c(1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), Calluna.vulgaris = c(43L, 38L, 56L, 68L, 56L, 68L, 38L,
88L, 68L, 38L, 68L, 88L, 38L, 38L, 18L, 8L, 18L, 38L), Danthonia.decumbens = c(1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L), Genista.pilosa = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Polytrichum.juniperinum = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 68L, 0L, 3L, 3L, 2L, 2L,
0L, 0L), Micarea.erratica = c(1L, 3L, 4L, 4L, 1L, 1L, 4L, 8L,
18L, 18L, 4L, 3L, 0L, 2L, 3L, 2L, 0L, 4L), Trapelia.coarctata = c(0L,
0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 2L, 2L, 8L, 0L, 0L, 2L,
4L), Baeomyces.rufus = c(2L, 2L, 1L, 2L, 4L, 1L, 6L, 2L, 3L,
0L, 3L, 8L, 68L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Porpidia.crustulata = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 4L, 1L, 0L, 0L,
0L), Catillaria.chalybeia = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L,
0L, 3L, 3L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L), Rhizocarpon.reductum = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 0L, 2L, 4L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L), Porina.chlorotica = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Acarospora.fuscata = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 3L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), Dibaeis.baeomyces = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L,
0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L), Erica.tetralix = c(18L,
2L, 1L, 0L, 31L, 1L, 2L, 3L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 68L), Campylopus.introflexus = c(1L, 38L, 0L, 0L, 1L, 0L,
38L, 18L, 8L, 8L, 0L, 18L, 0L, 38L, 0L, 2L, 0L, 2L), Cladonia.coccifera = c(0L,
4L, 4L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L,
4L), Cladonia.grayi = c(0L, 2L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 2L, 2L, 0L,
0L, 2L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Agrostis.vinealis = c(1L, 0L,
1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), Cladonia.macilenta = c(0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L), Polytrichum.piliferum = c(0L,
0L, 18L, 38L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
3L, 0L), Rumex.acetosella = c(0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Cladonia.ramulosa = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), Hypochaeris.radicata = c(0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Molinia.caerulea = c(1L,
2L, 1L, 4L, 8L, 1L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 2L, 2L, 3L,
0L), Carex.arenaria = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Cladonia.fimbriata = c(0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), Pinus.sylvestris = c(0L, 2L, 1L, 2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 2L, 2L,
1L, 2L, 2L, 8L, 2L, 2L, 18L, 0L), Quercus.robur = c(0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
Betula.pendula = c(0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Cephaloziella.divaricata = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Pseudoscleropodium.purum = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Cladonia.humilis = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L), Festuca.species = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Brachythecium.rutabulum = c(0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Carex.panicea = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L), Sorbus.aucuparia.1 = c(1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Ceratodon.purpureus = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L), Polytrichum.formosum = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Bryum.capillare = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Lecidea.lithophila = c(0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Amelanchier.lamarckii = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Salix.aurita.1 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L), Cephaloziella.species = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Betula.pubescens = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Lecidella.scabra = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Calamagrostis.epigejos = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Placynthiella.icmalea = c(0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Geranium.robertianum = c(0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Micarea.lynceola = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Porpidia.soredizodes = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Scoliciosporum.umbrinum = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Trapelia.obtegens = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Deschampsia.flexuosa.2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Rubus.plicatus.1 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L), Bryum.spec. = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Cladonia.monomorpha.1 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Geisleria.sychnogonoides = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 8L, 0L, 0L, 4L), Micarea.lignaria = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 4L)), class = "data.frame", row.names = c(274784L, 274553L,
272517L, 275195L, 272514L, 274783L, 99L, 113L, 96L, 109L, 117L,
102L, 114L, 97L, 138L, 133L, 95L, 237L))
I hope the question is clear, if not i will expand.

!Hi I think I understand your question.
The easiest way for me to think aobut this is by making a site variable, then taking your wide data and make it long as such:
df <- df %>%
mutate(site_no = 1:nrow(.)) %>%
gather(species, abundance, -site_no)
Now we can filter sites that have abundance = 0 and the do some summarrising:
df %>% filter(abundance != 0) %>%
group_by(species) %>%
summarise(count = n(),
total =sum(abundance))
Here count is the number sites they are present in and total is the total number. Using arrange on either variable and and subsetting will get you the answers you are interested in (using the -count or -total).

Frequency analysis from time dependent data in R

I've got a time dependent data from animal recording.
My data has two groups (TR and UT) each group has 20 replicate. Tiempo (time) variable goes from 282 sec to 318 sec.
I have a turning point at 300 sec in which I turn on a light stimulus. I register response that I convert into an numeric integer value.
A data subset looks like this
> dput(sub)
structure(list(tiempo = c(282, 282.2, 282.4, 282.6, 282.8, 283,
283.2, 283.4, 283.6, 283.8, 284, 284.2, 284.4, 284.6, 284.8,
285, 285.2, 285.4, 285.6, 285.8, 286, 286.2, 286.4, 286.6, 286.8,
287, 287.2, 287.4, 287.6, 287.8, 288, 288.2, 288.4, 288.6, 288.8,
289, 289.2, 289.4, 289.6, 289.8, 290, 290.2, 290.4, 290.6, 290.8,
291, 291.2, 291.4, 291.6, 291.8, 292, 292.2, 292.4, 292.6, 292.8,
293, 293.2, 293.4, 293.6, 293.8, 294, 294.2, 294.4, 294.6, 294.8,
295, 295.2, 295.4, 295.6, 295.8, 296, 296.2, 296.4, 296.6, 296.8,
297, 297.2, 297.4, 297.6, 297.8, 298, 298.2, 298.4, 298.6, 298.8,
299, 299.2, 299.4, 299.6, 299.8, 300, 300.2, 300.4, 300.6, 300.8,
301, 301.2, 301.4, 301.6, 301.8, 302, 302.2, 302.4, 302.6, 302.8,
303, 303.2, 303.4, 303.6, 303.8, 304, 304.2, 304.4, 304.6, 304.8,
305, 305.2, 305.4, 305.6, 305.8, 306, 306.2, 306.4, 306.6, 306.8,
307, 307.2, 307.4, 307.6, 307.8, 308, 308.2, 308.4, 308.6, 308.8,
309, 309.2, 309.4, 309.6, 309.8, 310, 310.2, 310.4, 310.6, 310.8,
311, 311.2, 311.4, 311.6, 311.8, 312, 312.2, 312.4, 312.6, 312.8,
313, 313.2, 313.4, 313.6, 313.8, 314, 314.2, 314.4, 314.6, 314.8,
315, 315.2, 315.4, 315.6, 315.8, 316, 316.2, 316.4, 316.6, 316.8,
317, 317.2, 317.4, 317.6, 317.8, 318), TR2x45.1 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), TR2x45.10 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 2L, 1L, 0L), TR2x45.11 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), TR2x45.12 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), TR2x45.8 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), TR2x45.9 = c(0L, 4L, 4L, 4L, 3L, 0L, 4L, 3L,
5L, 3L, 4L, 5L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L, 5L, 4L, 4L, 3L, 4L, 5L, 4L,
2L, 5L, 3L, 5L, 4L, 5L, 3L, 4L, 4L, 4L, 3L, 5L, 3L, 5L, 4L, 4L,
3L, 3L, 6L, 4L, 4L, 2L, 3L, 4L, 2L, 4L, 5L, 4L, 3L, 5L, 3L, 3L,
4L, 4L, 4L, 3L, 3L, 4L, 3L, 3L, 3L, 3L, 5L, 4L, 4L, 3L, 3L, 2L,
4L, 3L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 2L,
2L, 4L, 4L, 3L, 3L, 11L, 3L, 3L, 4L, 3L, 1L, 4L, 3L, 2L, 2L,
2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 2L, 3L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L,
2L, 1L, 7L, 2L, 5L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 2L, 4L, 5L,
1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 0L, 0L, 4L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L,
0L, 1L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 3L, 2L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 3L, 2L,
4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L), UT2x45.1 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), UT2x45.10 = c(0L, 6L, 4L, 2L, 3L, 3L, 6L, 6L,
3L, 4L, 7L, 4L, 2L, 3L, 4L, 7L, 5L, 3L, 6L, 4L, 6L, 4L, 5L, 5L,
3L, 8L, 5L, 3L, 11L, 3L, 4L, 6L, 8L, 4L, 9L, 3L, 4L, 3L, 3L,
5L, 7L, 3L, 2L, 4L, 4L, 3L, 2L, 5L, 8L, 10L, 6L, 4L, 8L, 6L,
0L, 5L, 8L, 9L, 2L, 9L, 9L, 0L, 2L, 3L, 5L, 9L, 5L, 5L, 5L, 3L,
4L, 2L, 1L, 5L, 7L, 3L, 5L, 7L, 5L, 1L, 2L, 3L, 5L, 7L, 2L, 5L,
5L, 5L, 5L, 2L, 2L, 4L, 6L, 5L, 4L, 2L, 3L, 4L, 5L, 2L, 2L, 1L,
1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 3L, 2L, 3L, 1L, 1L,
2L, 4L, 4L, 4L, 2L, 4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L,
3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 4L, 3L, 1L,
2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 3L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
UT2x45.11 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L,
0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), UT2x45.12 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L,
0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("tiempo",
"TR2x45.1", "TR2x45.10", "TR2x45.11", "TR2x45.12", "TR2x45.8",
"TR2x45.9", "UT2x45.1", "UT2x45.10", "UT2x45.11", "UT2x45.12"
), row.names = c(NA, -181L), class = "data.frame")
My goal is to analyze the frequency of response before and after the light (I could define two 18-sec or four 9-sec intervals). I was thinking in analyze how many times I have response=1, response=2 and so on, for each animal within both groups for each time interval.
I also would need to plot the data but I can try to fix that by myself once I get the frequency/correctly melted data.
Here's an easy example (first column vs t)
> grep(pattern = "1",x = TR)
[1] 7 11
> tiempo[grep(pattern= "1",x=TR)]
[1] 283.2 284.0
So I should get an "event of 1" in time 283.2 and another "event of 1" in 284.
When I ask the same for TR number 3
> tiempo[grep(pattern= "1",x=TR3)]
[1] 291
I should get an "event of 1" in time 291.
If two animals from the same group have a coincidence in time and event that should be added. 1 "event of 1" + 1 "event of 1" = 2 "event of 1". And that's the frequency that I want to get for every animal, collapsed later into group for each time point.
UPDATE
I have managed to write down some functions that get me the position of the response value I'm looking for (num) in data frame dat and give me the times (in a list that I should use someway to collapse within groups)
grep.fun<-function(num,dat){
li<-list(apply(dat,2,function(dat) grep(num,dat)))
return(li)
}
find.tempo<-function(num,dat){
j<-1
LIS<-list()
for (i in grep.fun(num,dat)[[1]]) {
LIS[j]<-list(dat$t[c(i)])
if (j>=length(dat)) break else
j<-j+1
}
return(LIS)
}
contar<-function(num,dat){
tabla<-data.frame(
variable=names(dat),freq=as.numeric(summary(find.tempo(num,dat))[,1])) # first column of summary is freq
return(tabla)
}
Besides, I need to collapse response (as a function of time) values within the groups for frequency analysis.

I have managed to write a group of functions that do what I want.
I had to split my data set into both groups to feed the dat parameter but it's good enough.
The code is this.
grep.fun<-function(num,dat){
li<-list(apply(dat,2,function(dat) grep(num,dat)))
return(li)
}
find.tempo<-function(num,dat){
j<-1
LIS<-list()
for (i in grep.fun(num,dat)[[1]]) {
LIS[j]<-list(dat$t[c(i)])
if (j>=length(dat)) break else
j<-j+1
}
return(LIS)
}
contar.tempo<-function(num,dat){
df<-data.frame(rep(NA,length(dat$tiempo)),rep(NA,length(dat$tiempo)))
i<-1
for (time in dat$tiempo){
cuenta<-sum(as.numeric(grepl(pattern=time,find.tempo(num,dat))))
df[i,]<-c(time,cuenta)
if (i>=length(dat$tiempo)) break else
i<-i+1
}
names(df)<-c("tiempo","cuenta")
return(df)
}
contar.freq<-function(num,dat){
tabla<-data.frame(
variable=names(dat),freq=as.numeric(summary(find.tempo(num,dat))[,1])) # first column of summary is freq
tabla2<-tabla[-1,] # sacar tiempo
return(tabla2)
}
The contar.tempo function is the one I will use to enter the level of response I want to evaluate (num) and both data sets for trained and control animals.
The result is a data frame with the number of times an animal had an event of certain magnitude. (e.g, df<-contar.tempo(1,your_data))
The contar.freq function can be used to count the number of events of certain response level for a each animal.

How do you calculate the average rating per genre

I have a file with 30 columns. These include userid, itemid, moviename, rating, date and the rest are to classify genres a movie belongs to. The genre categories are column names with binary values in the rows. If a movie belongs to a genre, it has a 1 under the appropriate column and 0 otherwise. I want to calculate the average rating per genre and want to know if there is a shorter process available?
I have currently tried filtering the data by selecting each genre where the value is '1' and then calculating the average rating. But I have almost 24 genres and doing it in this way is inefficient i think. Another way I have tried is to loop through the genre columns and again filtering each genre where value is '1' but loops consume alot of time and when the data is set is large(more than 100K rows), R can play up sometimes as I have noticed.
I want to ask if there is another way which avoids a loop like melt,dcast or another method that can get the same job done?
I am providing the dput of my dataset.
dput(data)
structure(list(user_id = c(10L, 890L, 867L, 5L, 320L, 630L, 151L,
699L, 21L, 450L, 179L, 135L, 314L, 487L, 735L, 823L, 169L, 889L,
846L), item_id = c(447L, 660L, 191L, 441L, 1052L, 568L, 414L,
1061L, 872L, 33L, 302L, 581L, 568L, 280L, 181L, 503L, 498L, 207L,
497L), Movie_title = structure(c(6L, 11L, 2L, 3L, 9L, 17L, 15L,
10L, 14L, 8L, 13L, 12L, 17L, 18L, 16L, 5L, 1L, 7L, 4L), .Label = c("African Queen, The (1951)",
"Amadeus (1984)", "Amityville Horror, The (1979)", "Bringing Up Baby (1938)",
"Candidate, The (1972)", "Carrie (1976)", "Cyrano de Bergerac (1990)",
"Desperado (1995)", "Dracula: Dead and Loving It (1995)", "Evening Star, The (1996)",
"Fried Green Tomatoes (1991)", "Kalifornia (1993)", "L.A. Confidential (1997)",
"Love Jones (1997)", "My Favorite Year (1982)", "Return of the Jedi (1983)",
"Speed (1994)", "Up Close and Personal (1996)"), class = "factor"),
Rating = c(4L, 2L, 5L, 1L, 2L, 4L, 5L, 3L, 2L, 5L, 4L, 4L,
5L, 5L, 4L, 5L, 3L, 3L, 5L), Date = structure(c(7L, 15L,
12L, 4L, 1L, 2L, 9L, 8L, 19L, 14L, 18L, 10L, 6L, 16L, 5L,
11L, 17L, 13L, 3L), .Label = c("1/14/1998", "1/25/1998",
"1/5/1998", "10/1/1997", "10/13/1997", "10/26/1997", "10/27/1997",
"11/10/1997", "11/15/1997", "11/18/1997", "11/2/1997", "11/21/1997",
"11/22/1997", "12/18/1997", "12/24/1997", "12/30/1997", "3/31/1998",
"4/10/1998", "9/22/1997"), class = "factor"), unknown = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Action = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L), Adventure = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
1L, 0L, 0L), Animation = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Children = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Comedy = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Crime = c(0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), Documentary = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Drama = c(0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L,
0L, 1L, 0L), Fantasy = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Film.Noir = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Horror = c(1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Musical = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Mystery = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Romance = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L,
1L, 1L, 0L), Sci.Fi = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L), Thriller = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), War = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L), Western = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Short = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), History = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Biography = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Sport = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), Family = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("user_id",
"item_id", "Movie_title", "Rating", "Date", "unknown", "Action",
"Adventure", "Animation", "Children", "Comedy", "Crime", "Documentary",
"Drama", "Fantasy", "Film.Noir", "Horror", "Musical", "Mystery",
"Romance", "Sci.Fi", "Thriller", "War", "Western", "Short", "History",
"Biography", "Sport", "Family"), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-19L))

This is a good use case for dplyr and tidyr:
library(dplyr)
library(tidyr)
dat %>% gather(genre, value, unknown:Family) %>% filter(value == 1) %>%
group_by(genre) %>% summarize(average = mean(Rating))
This code:
gathers each of the movie/genre pairs into a separate row (there will be multiple rows for each movie)
filters for only the cases when a movie belongs to a genre
groups by genre, and summarizes within each to find the average rating (you could perform other operations like the median or standard deviation as well)

the old-fashion way also works:
genres <- c('Action','Adventure','Animation')
means <- numeric(length(genres))
names(means) <- genres
for(g in genres)
meanRatings[g] <- mean(myData$Rating[mydata[,g]==1])
means

Convert many time observations columns to a single block of time

I have a dataframe that contains the number of times a user hit a website broken down in one-hour increments. R reads each of these columns in as discrete integer vectors.
month user.nm X0.1 X1.2 X2.3 X3.4 X4.5 X5.6 X6.7 X7.8 X8.9 X9.10 X10.11 X11.12 X12.13 X13.14 X14.15 X15.16 X16.17 X17.18 X18.19 X19.20
1 Apr-2013 6688393 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2 Apr-2013 6694392 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0
3 Apr-2013 6695127 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4 Apr-2013 8466767 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2
5 Apr-2013 8466929 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
6 Apr-2013 8469145 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
X20.21 X21.22 X22.23 X23.24
1 0 0 0 1
2 0 0 0 0
3 1 0 0 0
4 0 1 0 0
5 0 0 0 0
6 0 0 0 0
I would like to either modify the existing data frame or create a new one such that all 24 columns are treated as one block of time on a continuous scale, with 24 buckets for each hour range. I would like to see if there are any regular trends in user login time throughout the day, and would like to use ggplot to either facet this data out by month, or overlay a series of line graphs for each month on one graph.
I've attempted to use melt to create a new dataframe, but it doesn't quite give me what I want:
library(reshape2)
library(ggplot)
test=melt(stackdata)
.t=ggplot(data=test, aes(x=variable, y=value, color=month))
.t+geom_line()+
geom_jitter()+
facet_wrap(~month, ncol=4, nrow=3)+
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90))
Again, this is because each variable in the dataset is not one large, subdivided block of time. Not sure how to tackle this problem from here, and would love suggestions.
sample data is below:
stackdata=structure(list(month = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L), .Label = c("Apr-2013", "Aug-2013", "Dec-2013", "Feb-2013",
"Jan-2013", "Jan-2014", "Jul-2013", "Jun-2013", "Mar-2013", "May-2013",
"Nov-2013", "Oct-2013", "Sep-2013"), class = "factor"), user.nm = c("6688393",
"6694392", "6695127", "8466767", "8466929", "8469145", "9611057",
"9612737", "9614602", "9615501", "9615784", "9615874", "9616110",
"9618319", "9619088", "9619598", "9621017", "9621742", "9622336",
"9624374", "9626854", "9627467", "9627624", "9629276", "9630734",
"9631364", "9631860", "9632476", "9635781", "9635959", "9641708",
"9643094", "9645186", "9645401", "9745784", "9754198", "9866781",
"9867611", "9868751", "9869108", "9870583", "9870726", "9938726",
"9941106", "9941399", "9941473", "9941772", "10001415", "10003807",
"10005825", "10013098", "10013225", "10015143", "10016062", "10020754",
"10022365", "10024519", "10025576", "10026220", "10035739", "10035819",
"10051839", "10054951", "10054984", "10062088", "10068499", "10074245",
"10075246", "10077086", "10079384", "10680141", "10686895", "10694897",
"10697647", "10699389", "10699429", "10704583", "10711494", "10712441",
"10715234", "10716488", "10720706", "10720791", "10720823", "10728749",
"10801017", "10807796", "10811707", "10816089", "10821019", "10825304",
"10830839", "10833479", "10833571", "10834836", "10839626", "10841820",
"10846461", "10849478", "10855264", "10858750", "11005529", "11020252",
"11020885", "11032718", "11033697", "11036794", "11040344", "11047885",
"11050965", "11052554", "11069521", "11073718", "11075499", "11079738",
"11093749", "11095438", "11095559", "11097178", "11110244", "11550287",
"11589571", "11683596", "11699090", "11705401", "11709313", "11709654",
"11717437", "11719508", "11772681", "11779464", "11781654", "11789565",
"11794224", "11809622", "11815102", "11851768", "11900155", "11931084",
"11957879", "11972086", "12001983", "12007772", "12009821", "12011698",
"12016362", "12016670", "12038636", "12056747", "12057451", "12059322",
"12096520", "12101444", "12118773", "12127176", "12159551", "12165289",
"12177700", "12178152", "12182494", "12197023", "12225175", "12235523",
"12242927", "12254486", "12266022", "12286648", "12323873", "12403763",
"12408314", "12414114", "12420854", "12457521", "12466982", "12537659",
"12544328", "12557309", "12558588", "12600078", "12669593", "12669837",
"12674687", "12677883", "12689243", "12691517", "12694967", "12695845",
"12701494", "12854160", "12869058", "12869828", "13281780", "13400065",
"13400593", "13401168", "13401493", "13402162", "13402454", "13403431",
"13403910"), X0.1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 23L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L),
X1.2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 13L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 0L), X2.3 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L), X3.4 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L), X4.5 = c(0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 4L, 0L), X5.6 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L), X6.7 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 13L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 1L), X7.8 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 10L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 13L,
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 14L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 13L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L), X8.9 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L,
6L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 11L, 0L, 0L, 0L, 1L,
5L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 22L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 9L, 1L, 0L, 4L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 9L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L,
1L, 0L, 6L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X9.10 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 1L, 0L, 2L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 1L, 3L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L,
4L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
8L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 11L, 0L,
0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 3L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
2L, 0L, 2L, 5L, 0L, 0L, 7L, 0L, 3L, 0L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 1L), X10.11 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L,
0L, 0L, 1L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 3L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 8L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 4L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 2L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 4L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 20L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 0L,
0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 2L, 0L, 1L, 3L, 1L,
0L, 2L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 6L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L,
5L, 0L, 1L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L),
X11.12 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 3L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 20L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 17L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 3L, 0L, 4L, 1L, 0L, 4L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 6L, 0L, 2L, 0L,
0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X12.13 = c(0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L,
0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 3L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 1L, 1L,
4L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L,
2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 16L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L,
1L, 1L, 1L, 5L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 2L,
0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), X13.14 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
4L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L,
1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 16L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 7L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), X14.15 = c(0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 15L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 2L, 1L, 0L, 4L, 3L, 0L, 3L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 9L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 0L, 1L, 3L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L), X15.16 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
2L, 1L, 8L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 4L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 10L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L, 1L, 6L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 3L, 1L,
1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 5L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 4L, 0L, 0L, 5L, 1L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L),
X16.17 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L,
0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 2L, 1L, 2L, 0L, 4L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 10L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L,
7L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 12L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 3L, 0L, 1L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 4L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L), X17.18 = c(0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 3L, 3L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 5L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 4L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L,
0L, 0L, 5L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 20L, 3L), X18.19 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L,
0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 6L, 0L, 1L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 1L, 0L, 2L,
3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L,
0L, 0L, 1L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L), X19.20 = c(0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 10L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 2L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 12L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
3L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L), X20.21 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 4L, 1L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 7L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 4L),
X21.22 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 1L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 10L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), X22.23 = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L), X23.24 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("month",
"user.nm", "X0.1", "X1.2", "X2.3", "X3.4", "X4.5", "X5.6", "X6.7",
"X7.8", "X8.9", "X9.10", "X10.11", "X11.12", "X12.13", "X13.14",
"X14.15", "X15.16", "X16.17", "X17.18", "X18.19", "X19.20", "X20.21",
"X21.22", "X22.23", "X23.24"), row.names = c(NA, 200L), class = "data.frame")

Is this what you want?
library(reshape2)
library(ggplot2)
df <- melt(stackdata, id.var = c("month", "user.nm"))
df$hour <- as.numeric(gsub(pattern = "^.*\\.", "", df$variable))
ggplot(data = df, aes(x = hour, y = value)) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "point") +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "line") +
scale_x_continuous(breaks = seq(from = 0, to = 24, by = 4))

Develop Reference

r css asp.net wordpress firebase qt symfony nginx http apache-flex

FactoMineR MCA error regarding numeric values? - r

Related

Running an ANOSIM with specific data in R?

count most abundant species (cases) in matrix using R

Frequency analysis from time dependent data in R

How do you calculate the average rating per genre

Convert many time observations columns to a single block of time

Categories

Resources